Oče Rudolfa Hössa je bil poveljnik taborišča Auschwitz in je vodil pomor več kot milijona Judov. Življenje Hössa in njegove družine je bilo nedavno upodobljeno v z oskarjem nagrajenem filmu ''Interesno območje''. ''Poveljnikova senca'' pripoveduje zgodbo o resničnih ljudeh, ki so živeli v Hössovem taborišču smrti.

Film prikazuje, kako se osem desetletij pozneje Höss sooči z Anito Lasker-Wallfisch, ki je kot mlada judovska ujetnica preživela taborišče. Pridružita se jima njuna otroka, Kai Höss in Maya Lasker-Wallfisch, ko se Rudolf Höss spoprime z grozljivimi posledicami očetovih dejanj in generacijskimi travmami, ki so jih povzročila.