Zgodba se začne, ko slavni detektiv Harry Goodman skrivnostno izgine, njegov sin Tim pa skuša dognati, kaj se je zgodilo. Pri preiskavi mu pomaga Harryjev nekdanji sodelavec Pikachu, zabavljaški in cinični detektiv.

Sta idealna dvojica za preiskovanje, saj je Tim edini človek, ki lahko sliši Pikachuja. Sledi ju vodijo skozi neonske ulice Rhyme Cityja, živahnega sodobnega velemesta, kjer ljudje in Pokemoni živijo skupaj v hiperrealističnem svetu.

Tam spoznata raznoliko skupino drugih Pokemonov in razkrijeta pretresljivo zaroto, ki bi lahko uničila miroljubno sožitje in ogrozila celoten svet.