Zgodba prinaša nekoliko drugačno plat pripovedi o osamljenem srednješolcu Petru Parkerju, ki sta ga po izginotju staršev v njegovem otroštvu vzgajala teta May in stric Ben. Tako kot večina najstnikov bi rad Peter odkril, kdo je v resnici. Nenadejano se zbliža s šolsko simpatijo Gwen Stacy in zaljubljeni par se mora boriti z izzivi ljubezni, odgovornosti in osebnih skrivnosti.

Potem ko Peter najde skrivnostni kovček svojega očeta, začne preiskovati nepojasnjeno izginotje staršev; vse sledi vodijo v podjetje Oscorp ter v laboratorij dr. Curta Connorsa, nekdanjega očetovega sodelavca. Ko se bo zakrinkani junak Spider-Man soočil z drugo Connorsovo osebnostjo, Kuščarjem, se bo moral Peter odločati med nekaterimi življenjskimi izbirami in uporabiti svoje moči, da bo kot super-junak krojil lastno usodo.