V zaključku trilogije "Matrica" se Neo (Keanu Reeves), Morpheus (Laurence Fishburne) in Trinity (Carrie-Anne Moss) borijo, da bi zadnje človeško mesto Sion ubranili pred ubijalskimi stroji, ki so si podjarmili in zasužnjili človeštvo. V sklepnem delu doseže vojna med človekom in stroji vrhunec. Vojska Siona, okrepljena s pogumnimi prostovoljci, kot sta Zee (Nona Gaye) in Otrok (Clayton Watson), se z vsemi močmi trudi, da bi odbila napad strojev.

Človeštvu grozi popolno uničenje. Sovražni program Smith (Hugo Weaving), ki postaja iz minute v minuto močnejši, je ušel tudi izpod nadzora strojev in grozi, da bo uničil tako resnični svet kot Matrico.