V drugem poglavju trilogije poslednje človeško mesto Sion napade vojska strojev z umetno inteligenco.

Le nekaj ur prej, preden 250.000 smrtonosnih kovinskih lignjev uniči zadnjo postojanko ljudi na Zemlji in čedalje številčnejšo odporniško gibanje, se Neo (Keanu Reeves) in Trinity (Carrie-Anne Moss) odločita vrniti v Matrico z Morpheusom (Laurence Fishburne), pri čemer uporabijo ves svoj arzenal izjemnih sposobnosti in orožja zoper sile zatiranja in izkoriščanja ljudi.

V prepletu ljubezni in resnice, vere in znanja ter namena in prisebnosti mora Neo slediti poti, ki mu je usojena, da bi človeštvo rešil pred temačno usodo, ki ga straši v sanjah.