Leto 2415, 400 let potem ko je smrtonosni virus pomoril več kot polovico človeštva. Preživeli živijo v močno zastraženem mestu Bragna, ki jih loči od preostalega sveta, okuženega z virusom. Med njimi je tudi lepa morilka Aeon Flux, ki dela za skrivno odporniško gibanje.

Njena najnovejša naloga je umoriti člana mestnega sveta Trevorja Goodchilda, ki skupaj s svojimi kolegi nadzira Bragno. Zaplete se, ko vladni agentje ubijejo Aeonino mlajšo sestro Uno in se Aeon zave, da je tudi Trevor zgolj lutka v veliko večji politični spletki.