Kapitan Duke Hauser in njegov partner Ripcord, ki se trenutno mudita v Kazahstanu, dobita navodila, da posebne rakete, ki jih je ustvarilo podjetje pod vodstvom Jamesa McCullena, prepeljeta na skrivno mesto. Med misijo ju napadejo tatovi, ki jih vodi Dukova stara znanka Anastasia DeCobray, a jima k sreči na pomoč priskočijo člani skrivne mednarodne enote G.I. Joe.

Enoto vodi general Hawk Abernathy, ki je odločen, da bo tatovom stopil na prste in razkrinkal njihovo organizacijo po imenu Kobra. Medtem ko se Duke in Ripcord pridružita enoti in se začneta uriti pod njenim okriljem, McCullen na skrivaj sodeluje s Kobro, odločen, da bo nazaj dobil svoje rakete in zavzel svet.