Janko Bobetko se je leta 1990 priključil policiji v Sisku in vodil obrambo območja okoli Siska in Petrinje. Po začetnih nesoglasjih s hrvaškim predsednikom Franjem Tuđmanom - ki niso nikoli popolnoma izginila - se je na začetku leta 1992 znova vključil v vojaško službo. Istega leta je postal predstavnik HDZ v saboru. Dobil je čin generala in bil napoten na tedanje hrvaško južno bojišče. Vodil je osvoboditev Dubrovnika, Maslenice in Medačkega žepa, številni pa so ga začeli imenovati "človek, ki prinaša zmage". Načelnik generalštaba hrvaške vojske je postal leta 1993. Operacijo Blisk je takrat 76-letni general dočakal v bolnišnici, dan pred začetkom operacije Nevihta, pa se je upokojil.
Kmalu po upokojitvi je napisal avtobiografsko knjigo z naslovom Vse moje bitke. Zelo obsežna knjiga, v kateri so dokumentirane najpomembnejše bitke med vojno na Hrvaškem, je postala najbolj sporna knjiga o hrvaški domovinski vojni. Številni politični analitiki celo menijo, da je haaškemu sodišču prišla kot naročena. V hrvaški javnosti se je po objavi knjige tudi govorilo, da si je Bobetko z njo napisal obtožnico. Zaradi knjige je prišel Bobetko v spor tudi s številnimi tedanjimi soborci ter z vsemi, ki se niso strinjali z idejo države in vojske, ki jo je propagiralo desno krilo HDZ.
Bobetko o temnih straneh hrvaške domovinske vojne ni želel govoriti, ker je menil, da gre za protihrvaške aktivnosti. Potem ko je na Hrvaškem prišlo do zamenjave oblasti, se je pridružil upokojenim generalom in postal edini partizanski general v Evropi, ki je na koncu kariere doživel, da ga je antifašistična Evropa, za katere svobodo se je boril, obtožila vojnih zločinov.
Umrl je leta 2003.