Zdi se, da je mladi Peter Parker (Tobey Maguire) končno uspel najti ravnovesje v življenju. V šoli mu gre dobro, New York ga časti kot junaka in odnos z Mary Jane Watson (Kirsten Dunst) je trden. Peter je morda celo pripravljen na pomemben korak v njuni zvezi.

Na žalost pa je Harry Osborn (James Franco) še vedno prepričan, da je Pajek kriv za očetovo prezgodnjo smrt in kot novi Goblin kuje maščevanje. Poleg tega se mora Spider-Man spopasti z novim zlobnežem, znanim kot Sandman (Thomas Haden Church).

Spider-Mana se polasti skrivnostna črna pojava in njegova temnejša, bolj maščevalna plat prevzame nadzor nad njegovim dvojnim življenjem, medtem ko zasleduje stričevega morilca. Preobrazba prisili Parkerja, da se sooči z najmanj verjetnim zlikovcem: s samim seboj.